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Le Karyu se rend à Heavy Melder dans le village de Gun Frontier pour essayer de trouver une chasseuse de prime nommée Sylviana. Grenadier pense qu’elle doit probablement avoir des informations sur Albator car elle court après l’énorme prime qui est actuellement sur sa tête. Cependant, c’est un caractère têtu et Grenadier (Axel Lutter) ne peut pas du tout garantir qu’elle acceptera de collaborer avec eux. Warrius décide donc d’envoyer Grenadier, Ishikura et deux autres hommes en mission de reconnaissance. Leur objectif est de trouver des informations sans prendre de risques inutiles ou tenter quoi que ce soit d’autre.

Le Karyu a été endommagé par son dernier combat, Warius décide de se poser sur la planète El Alamain pour effectuer les repartions. Cette planète fut elle aussi conquise par les humanoïdes et même si la population a fini par accepter la tutelle des humanoïdes, il existe encore un mercenaire, appelé Le Grenadier, qui continue a leurs donner du fil à retordre. Lorsqu’il aperçoit le Karyu, Le Grenadier l’attaque sans sommation obligeant Warius à changer de trajectoire pour rejoindre la base humanoïde par un accès sécurisé.

L’équipage du Karyu essaie de se roder avec les exercices de simulation préparés par Marina, mais la fréquence des entraînements commence à fatiguer l’équipage. Alors que Warius venait de décréter une pause pour l’équipage, le Karyu reçoit un message de détresse d’une station spatiale humanoïde qui est attaquée par des pirates. Warius ordonne de leur porter secours car il espère que l’assaillant est Albator.

Warius est intrigué par Marina qui ressemble comme deux goûtes d’eau à sa défunte épouse. Il parcourt son brillant dossier militaire et apprend avec surprise que pour être commandant en second sur le Karyu, elle a dû renoncer à un poste à l’Etat Major qui aurait été bien plus intéressant pour sa carrière. Cette incohérence intrigue Warius qui se demande quelles sont ses motivations profondes.

Des androïdes, appelés Humanoïdes, ont fini par conquérir la Terre. Warius Zero était le capitaine du Karyu, un vaisseau de guerre avec lequel il a combattu les Humanoïdes.Comme le reste de la force de défense terrienne, il a dû lui aussi déposer les armes et remettre son vaisseau aux envahisseurs après la reddition.

Cosmowarrior Zero est à l’origine un jeu vidéo Playstation édité par Taito en 1999. En 2001 ce jeu a été adapté en une série de 15 OAV inspirée de l’univers de Leiji Matsumoto et réalisée par Kiyotaka Isako. Au Japon les 15 épisodes sont sortis directement en DVD. Lors de son édition en France,  Kaze avait écrit sous le titre : « La jeunesse d’Albator », mais c’est plutôt trompeur car Albator ne sert que de prétexte au démarrage de l’aventure du capitaine Warius Zero. La série d’origine « Cosmowarrior Zero » ne comportait d’ailleurs que 13 épisodes centrés sur ce personnage. Les deux derniers ont été ajoutés plus tard et se focalisent sur l’affrontement entre Warius et Albator. Ce groupe de deux épisodes est sorti à l’époque sous le nom de Young Harlock o Oe ! Cosmowarrior Zero Gaiden.

Alors que l’Atlantis traverse un champ d’astéroïdes, les sylvidres font exploser les charges qu’elles avaient mises dans certains d’entre eux. L’impact des débris sur la carlingue endommage le vaisseau mais les dégâts sont mineurs. Albator sait parfaitement que les sylvidres avaient conscience que cette attaque ne serait pas suffisante pour détruire l’Atlantis, il redoute un second assaut destiné à les achever.

Clio repense à sa planète d’origine Jura où à sa meilleure amie Feria est morte lorsque son peuple a été décimé. Une guerre nucléaire avait éclaté et les radiations ont fait muter les plantes qui sont devenues carnivores et qui ont dévoré les survivants. Si Albator n’avait pas trouvé Clio à ce moment là, elle serait probablement morte elle aussi.

La Reine Sylvidra essaie de recenser les membres d’équipage de l’Atlantis, mais elle n’arrive pas à savoir qui est le 41^ème homme d’équipage. Elle utilise donc un encéphalométreur qui permet de comptabiliser les êtres « pensant » et de relever leur pensée du moment.
La sylvidre Halium va écouter les pensée de chaque membre, sans arriver à avoir celui du 41^ème car ce dernier semblait plongé dans un sommeil profond au moment où l’encéphalométreur a fait son relevé.

Des sylvidres apparaissent  dans l’Atlantis, mais il ne s’agit que d’hologrammes visant à perturber l’équipage. Contre toute attente, l’une des sylvidres semble être Madeleine, la fille de Marysse et de son épouse Sylvia qui était en réalité une sylvidre. Après la mort de sa mère, Madeleine avait été enlevée par les sylvidres alors qu’elle était encore enfant (épisode 17). Elle est devenue adulte, mais la clochette qu’elle porte autour du cou est la même que celle de Madeleine. Pour Marysse le choc est dur, car à peine croit-il avoir retrouvé sa fille que les hologrammes disparaissent.